Ban tổ chức của AnimeJapan 2021 đã thông báo rằng sự kiện sẽ chỉ diễn ra dưới hình thức trực tuyến, sau khi ban tổ chức đã quyến địch hủy bỏ sự kiện ngoài trời dự kiến diễn ra vào cuối tháng 3 tại Tokyo Big Sight. Sự kiện đã được lên kế hoạch như một sự kiện tổ chức ngoài trời kết hợp với trực tuyến.

Sự kiện trực tuyến sẽ truyền trực tuyến các chương trình từ các công ty anime đã có gian hàng tại sự kiện thực tế và cũng sẽ truyền trực tuyến các hoạt động trên sân khấu. Các vật phẩm anime/manga sẽ có sẵn để khán giả có thể mua trực tuyến.

AnimeJapan năm nay sẽ không tổ chức phần “Family Anime Festa” dành cho trẻ em như những năm trước.

Ban tổ chức đã hủy bỏ sự kiện năm ngoái cũng do lo ngại về sự lây lan của COVID-19.