Evangelion: 3.0 + 1.0: Thrice Upon A Time (Shin Evangelion Gekijō-ban: ||), bộ phim Evangelion “cuối cùng”, đã bán được 5.423.475 vé và thu về 8.282.298.700 yên (khoảng 75,72 triệu USD) tính đến thứ Tư, ngày thứ 59 bộ phim được trình chiếu ở Nhật Bản. Phim đã vượt qua doanh thu 8,25 tỷ yên (khoảng 75,40 triệu USD) của Shin Godzilla năm 2016 để trở thành phim có doanh thu cao nhất của đạo diễn Hideaki Anno tại Nhật Bản.

Trong tuần thứ ba, bộ phim đã vượt qua doanh thu nội địa của Evangelion: 3.0 You Can (Not) Redo, thu về tổng cộng 5,3 tỷ yên. Phim mới hiện là phim có doanh thu cao nhất trong cả nước và quốc tế, dù chỉ chiếu ở một quốc gia cho đến nay.

Trong lần xuất hiện chào sân khấu tại buổi chiếu Evangelion: 3.0 + 1.0 vào tháng 4, Anno đã lưu ý rằng người hâm mộ có thể giúp cho bộ phim vượt qua doanh thu của Evangelion 3.0 và Shin Godzilla để lập nên kỷ lục mới cho đạo diễn. Ông nói thêm rằng nếu bộ phim có thể vượt quá 10 tỷ yên (khoảng 90 triệu đô la Mỹ) thì nó sẽ mang lại nhiều lợi ích cho sự hồi sinh của ngành công nghiệp anime.

Bộ phim đã ra mắt tại 466 rạp ở Nhật Bản vào ngày 8 tháng 3 và bán được nhiều vé hơn 33,6% cũng như đạt doanh thu cao hơn 45,1% so với bộ phim Evangelion trước đó trong bảy ngày đầu tiên công chiếu.

Bộ phim đã lập kỷ lục về doanh thu cao nhất tại hệ thống rạp IMAX trong ngày công chiếu tại Nhật Bản, với 740.000 USD doanh thu tại IMAX. Bộ phim cũng lập kỷ lục về tỷ lệ phần trăm doanh thu ngày mở màn IMAX cao nhất cho phim nội địa ở Nhật Bản, với IMAX chỉ chiếm 10% tổng doanh thu ngày mở màn của phim trên 1% -2% tổng số phòng chiếu.