Hãng Konami tiết lộ quy tắc dành cho Giải vô địch Yu-Gi-Oh! Nhật Bản 2024 rằng các giải đấu ở Nhật Bản sẽ chỉ cho phép công dân Nhật Bản sống ở trong nước. Những người không phải là công dân Nhật Bản sẽ không được phép tham gia sự kiện. Đây là một sự thay đổi so với Giải vô địch Yu-Gi-Oh! năm 2023, khi Konami cho phép tất cả mọi người tham gia miễn là họ có địa chỉ thường trú tại Nhật Bản.

Giai đoạn đầu tiên của vòng loại cửa hàng sơ bộ dành cho Giải đấu bắt đầu từ ngày 1/3 và diễn ra đến ngày 31/3. Giai đoạn 2 diễn ra từ ngày 1-31/5. Các bài thủ hàng đầu Nhật Bản sẽ tranh tài ở trận chung kết vào giữa tháng 7. Bốn người đứng đầu giải đấu sẽ đại diện cho Nhật Bản tại Giải Yu-Gi-Oh! Vô địch Thế giới 2024 sẽ diễn ra tại Seattle, Mỹ vào ngày 7-8/9.

Giải Vô địch Thế Giới sử dụng các quy tắc đặc biệt kết hợp giữa Yu-Gi-Oh! OCG mà Konami phát hành ở phương Đông bao gồm Nhật Bản và Yu-Gi-Oh! Trading Card Game được công ty phát hành ở phương Tây.