Phiên bản đặc biệt thứ hai của movie anime Mobile Suit Gundam Seed FREEDOM xếp hạng #6 trong tuần đầu công chiếu ở Nhật Bản. Bộ phim đã thu về 76.383.100 yên (khoảng 494.500 đô la Mỹ) từ thứ sáu đến chủ nhật. Bao gồm cả phiên bản đầu tiên trước đó của bộ phim, cũng như phiên bản đặc biệt đầu tiên, đây là tuần thứ 41 của bộ phim tại phòng vé Nhật Bản. Bộ phim đã thu về tổng cộng 5.222.894.120 yên (khoảng 33,80 triệu đô la Mỹ).

Phiên bản đặc biệt đầu tiên của bộ phim, với một đoạn kết (hoặc các đoạn kết) được thêm vào, được trình chiếu từ ngày 20 tháng 9 đến ngày 3 tháng 10. Phiên bản đặc biệt thứ hai này, với một đoạn kết (hoặc các đoạn kết) khác được thêm vào, sẽ chiếu từ ngày 1 tháng 11 đến ngày 14 tháng 11.

Đạo diễn Mitsuo Fukuda giải thích rằng do thời gian, các thành viên đoàn làm phim không thể hoàn thành mọi phần theo ý muốn trong phiên bản ra rạp vào ngày 26 tháng 1. Với các phiên bản đặc biệt, họ đã cập nhật những phần cắt và tinh chỉnh những phần cảm thấy không ổn sau khi chiếu. Fukuda nói thêm, “Tôi nghĩ chúng ta có thể gọi đây là phiên bản hoàn chỉnh của Seed FREEDOM.”

Mobile Suit Gundam Seed FREEDOM ra mắt tại Nhật Bản vào ngày 26 tháng 1. Bộ phim ra mắt ở vị trí số 1 tại phòng vé Nhật Bản và bán được 634.182 vé với doanh thu 1.065.983.130 yên (khoảng 7,20 triệu đô la Mỹ) trong ba ngày đầu tiên, đánh dấu doanh thu phòng vé ba ngày mở màn cao nhất của loạt phim Gundam. Đây cũng là bộ phim Gundam có doanh thu cao nhất tại Nhật Bản từ trước đến nay.